Первое упоминание о чукчах в письменных источниках относится к 1641 в связи с тем, что в районе Колымы они напали на русских сборщиков ясака (подать пушниной, собираемая с аборигенов). Стоит обратить внимание, что это была агрессия со стороны чукчей, до их территорий русские в то время ещё не дошли.Непосредственно на Чукотке русские первопроходцы (казаки под предводительством атамана Семёна Дежнёва) появились в 1648. В 1649 году Дежнёв в верхнем течении Анадыря основал зимовье, на месте которого в 1652 был построен Анадырский острог.
Чукчи и русские сразу невзлюбили друг друга, и их встречи редко оканчивались мирно.
Попытки заставить чукчей платить ясак предпринимались неоднократно, однако без особого успеха. Вообще, среди народов Крайнего Севера чукчи оказали русским наиболее ожесточенное сопротивление.
Надо отметить, что к этому времени чукчи были местными экспансионистами и вели частые войны против соседних народов. Жестокость чукчей привела к тому, что коряки, ительмены и юкагиры с радостью и облегчением приняли русское подданство и ходили вместе с русскими в походы на чукчей (можно предположить, что, как и иные кочевые племена, чукчи истребляли всех чужих на захваченных территориях). Эскимосы же старались устрашить чукчей жестокостью: например, убивали пленных, просверливая им головы.
Тем временем, в 1727 по инициативе якутского казачьего головы Афанасия Шестакова Сенат Российской империи утвердил «мнение»: «Иноземцев и которые народы сысканы и прилегли к Сибирской стороне, а не под чьею властию, тех под российское владение покорять и в ясачный платеж вводить». С этой целью на Чукотку отправили экспедицию численностью в 400 солдат и казаков, опорной базой которой стал Анадырский острог. Во главе был поставлен Шестаков, а начальником военной команды определен капитан Тобольского драгунского полка Дмитрий Павлуцкий.
В 1729, разделив свои силы на два отряда (каждый был пополнен якутами и коряками), Шестаков и Павлуцкий начали покорять Чукотку. Следует отметить, что сенат постановлял аборигенов «уговаривать в подданство добровольно и ласкою». Однако Шестаков и Павлуцкий не всегда ограничивались переговорами, да и аборигены не все были склонны в них вступать.
Чукчи, несмотря на то, что могли противопоставить мушкетам и саблям завоевателей лишь стрелы и копья с костяными наконечниками, оказали русским ожесточённое сопротивление. В марте 1730 г. они разгромили отряд Шестакова, убив самого казачьего голову. Отряду Павлуцкого чукчи дали три крупных сражения, в которых понесли серьезные потери. Это были действительно крупные сражения, по дальневосточным меркам просто огромные.
После поражений от Павлуцкого чукчи отказались от открытых битв с русскими, перейдя к партизанским действиям, продолжая воевать с принявшими российское подданcтво коряками и юкагирами.
Узнав о войне, сенат в 1742 г. издал указ: «на оных немирных чюкч военною оружейною рукою наступить, искоренить вовсе». Сдавшихся же предписывалось «из их жилищ вывесть и впредь для безопасности распределить в Якуцком ведомстве по разным острогам и местам». В 1744—1746 гг. Павлуцкий, произведенный в майоры, с командой в 400—650 солдат, казаков и ясачных юкагиров и коряков совершил три похода на Чукотский полуостров. В марте 1747 г. близ Анадыря чукчи разгромили отряд Павлуцкого. С русской стороны в сражении погибли сам майор, 40 казаков и 11 коряков. К тому же чукчам удалось захватить оленей анадырского гарнизона, оружие, боеприпасы и снаряжение отряда Павлуцкого, в том числе одну пушку и знамя. Этот разгром произвел ошеломляющее впечатление на русские власти. Сенат и Сибирский приказ спешно приняли решение о переброске в Анадырь дополнительных войск.
События, развернувшиеся в 1730—1750-х гг. на Чукотке и Камчатке, были насыщены многочисленными сражениями, взятием русских и аборигенных крепостей-острогов, взаимным ожесточением и немалыми жертвами.
Война чукчей с русскими колониальными войсками продолжалась почти 150 лет. Причем на определенном этапе чукчи даже одержали в ней победу.
В начале 1763 г. в Анадырь прибыл новый комендант подполковник Фридрих Плениснер. Ознакомившись с состоянием дел, он предложил вообще ликвидировать Анадырскую партию. Во-первых, на ее содержание за время существования было израсходовано 1 381 007 руб. 49 коп., тогда как от ясачного и других сборов получено всего 29 152 руб. 54 коп. Во-вторых, чукчи в подданство не приведены, чукотско-корякско-юкагирские столкновения не прекратились.
И Сенат согласился с закрытием Анадырской партии, признав, что она «бесполезна и народу тягостна». В 1765 г. из Анадыря начался вывод войск и гражданского населения, а в 1771 г. — разрушены крепостные укрепления. Форпост русской власти на северо-востоке Сибири перестал существовать. Это не только свидетельствовало о прекращении боевых действий против чукчей, но и означало фактическое поражение России. Это позволило чукчам проникнуть на Анадырь, оттеснив коряков на Гижигу, а юкагиров — на Колыму.
Но появление у берегов Чукотки английских и французских экспедиций заставило власти Российской Империи снова задуматься о покорении этого края. В 1776 г. Екатерина II указала приложить все усилия для принятия чукчей в подданство. Действуя не военной силой, а подкупом, русские добились значительно большего. В марте 1778 г. стараниями коменданта Гижигинской крепости капитана Тимофея Шмалева и сибирского дворянина, крещеного чукчи Николая Дауркина с «главным» тойоном Омулятом Хергынтовым был заключен договор о принятии чукчами русского подданства.
По указу Екатерины чукчи освобождались от ясака на 10 лет и сохраняли независимость во внутренних делах. Сравнительно привилегированное положение чукчи сохраняли и позже. По «Указу об управлении инородцев» 1822 года, чукчи жили по своим законам и судились собственным судом, ясак — шкурка лисицы с лука (то есть с мужчины) — платился по желанию. В 1885 году капитан А. А. Ресин, присланный с инспекцией, писал: «В сущности же весь крайний северо-восток не знает над собой никакой власти и управляется сам собой».
Даже в середине XIX века в своде законов Российской Империи чукчи относились к народам, «не вполне покоренным», которые «платят ясак, количеством и качеством какой сами пожелают». Впрочем, с помощью меновой торговли власти и предприниматели научились выманивать у чукчей гораздо больше, чем с помощью налогов.
В чукотской мифологии образ русских завоевателей сложился самый что ни есть монструозный: «Одежда вся железная, усы как у моржей, глаза круглые железные, копья длиной по локтю и ведут себя драчливо — вызывают на бой». Однако наибольший ужас наводила жестокость русских, воспринимавшаяся аборигенами как абсолютно немотивированная. В фольклоре истребление чукчей выступает для русских как самоцель. Каких-либо рациональных объяснений причины конфликта чукчи найти не смогли. Образ же казака характеризуется полным отсутствием любых позитивных черт. Главным злодеем чукотского фольклора стал майор Павлуцкий.
Впрочем, благодаря воинской силе и жестокости, русские заслужили у чукчей определенное уважение. Чукчи относились ко всем своим соседям крайне высокомерно и ни один народ в их фольклоре, за исключением русских и их самих, не назван собственно людьми. В чукотском мифе о творении мира предназначением русских считается производство чая, табака, сахара, соли и железа, и торговля всем этим с чукчами.